Natknąłem się na ten sam problem i po googlowaniu i wyszukiwaniu znalazłem ten posthttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Próbowałem tego polecenia, o którym mowa:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
i działa jak urok. Powinno działać w twoim przypadku, powodzenia.