Usuń element z tablicy mongodb odpowiadającej w mongoose

To powinno wystarczyć:

db.lists.update(
    {}, 
    { $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
    { multi: true }})

Dla każdego dokumentu w kolekcji ({} oznacza puste zapytanie), usuwa każdy element z podanym _id (w items szyk). Bez multi opcja, wpłynie to tylko na pierwszy znaleziony dokument