Umieściłbym to podczas inicjowania aplikacji. Jeśli kolekcja nie istnieje w momencie wywołania funkcji secureIndex, indeks (i kolekcja) zostaną utworzone w tym czasie.
Zakładam, że wiesz a priori, jakie rodzaje zapytań będziesz uruchamiać na danych i jakie dane będziesz oczywiście umieszczać w indeksie.