Czy spojrzałeś na AddToSet metody, jeśli użyjesz tego w połączeniu z funkcją aktualizacji zamiast funkcji zamień, powinno to zapewnić lepszą kontrolę nad twoją niepodzielnością.
var updateBuilder = Builders<Item>.Update.AddToSet(items => items.SubItems, new SubItem());
collection.UpdateOne(itemFilter, updateBuilder);
Tak jak w twoim przypadku.
public Task Save(string itemId, SubItem subItem)
{
var itemFilter = Builders<Item>.Filter.Eq(v => v.Id, itemId);
var collection = _db.GetCollection<Item>("Items");
var updateBuilder = Builders<Item>.Update.AddToSet(items => items.SubItems, subItem);
collection.UpdateOneAsync(itemFilter, updateBuilder, new UpdateOptions() { IsUpsert = true }).Wait();
}