Jestem w dokładnie takiej samej sytuacji, wykonałem dokładnie te same kroki i miałem ten sam problem.
U mnie zadziałało:
sudo service mongod stop
sudo apt-get purge mongodb-org*
NIE usuwaj katalogów danych - jeśli to zrobisz, wszystkie Twoje dane zostaną utracone.
Uwaga:Wywołanie sudo apt-get purge mongodb-org*
usuwa plik mongod.conf
plik. Jeśli chcesz zachować ten plik po aktualizacji, upewnij się, że utworzyłeś kopię zapasową z niego i używaj go po zainstalowaniu nowej wersji.
Następnie zainstaluj mongodb z:
sudo apt-get install -y mongodb-org
Zakłada się, że wykonałeś już poprzednie kroki instalacji (importowanie klucza publicznego, utworzenie pliku listy, ponowne wczytanie lokalnej bazy danych pakietów), jak już wspomniałeś.