problem jest tutaj
const app = require("../index.js"); // the express server
Za każdym razem, gdy próbujesz wymagać index.js technicznie kopiujesz i wklejasz cały kod z wnętrza index.js do skryptu testowego.
Ponieważ uruchamiasz wiele plików testowych jednocześnie, każdy test próbuje uruchomić ten sam kod w index.js
Możesz przeczytać więcej na ten https://fredkschott. com/post/2014/06/require-and-the-module-system/