Użyj tego:
ALTER TABLE users AUTO_INCREMENT=1001;
lub jeśli nie dodałeś jeszcze kolumny identyfikatora, dodaj ją również
ALTER TABLE users ADD id INT UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT,
ADD INDEX (id);
Użyj tego:
ALTER TABLE users AUTO_INCREMENT=1001;
lub jeśli nie dodałeś jeszcze kolumny identyfikatora, dodaj ją również
ALTER TABLE users ADD id INT UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT,
ADD INDEX (id);