możesz to zrobić w ten sposób:
$ids = array(1,5,18,25);
// creates a string containing ?,?,?
$clause = implode(',', array_fill(0, count($ids), '?'));
$stmt = $mysqli->prepare('SELECT * FROM somewhere WHERE `id` IN (' . $clause . ') ORDER BY `name`;');
call_user_func_array(array($stmt, 'bind_param'), $ids);
$stmt->execute();
// loop through results
Używając tego wywołujesz bind_param dla każdego identyfikatora i masz sortowanie wykonane przez mysql.