Miałem podobny problem i rozwiązałem go, sprawdzając działające wątki. Aby zobaczyć działające wątki, użyj następującego polecenia w interfejsie wiersza poleceń mysql:
SHOW PROCESSLIST;
Można go również wysłać z phpMyAdmin, jeśli nie masz dostępu do interfejsu wiersza poleceń mysql.
Spowoduje to wyświetlenie listy wątków z odpowiednimi identyfikatorami i czasem wykonania, więc możesz ZABIĆ wątki, które zajmują zbyt dużo czasu do wykonania. W phpMyAdmin będziesz miał przycisk do zatrzymywania wątków za pomocą KILL, jeśli używasz interfejsu wiersza poleceń, po prostu użyj polecenia KILL, a następnie identyfikatora wątku, jak w poniższym przykładzie:
KILL 115;
Spowoduje to zakończenie połączenia dla odpowiedniego wątku.