./configure polecenie jest częścią procesu kompilacji z kodu źródłowego.
Możesz skompilować ze źródeł lub zainstalować za pomocą menedżera pakietów. Myślę, że w twoim przypadku menedżer pakietów jest lepszy.
Jak narzeka menedżer pakietów, nie możesz mieć obu php-mysql i php-mysqlnd zainstalowany.
Więc możesz
yum remove php-mysql
przed
yum install php-mysqlnd
Następnie sprawdź sukces za pomocą
php -m | grep mysqlnd
lub
php -i | grep mysqlnd
