Flask ma Kontekst aplikacji i wygląda na to, że będziesz musiał zrobić coś takiego:
def test_connection(self):
with app.app_context():
#test code
Prawdopodobnie możesz również wcisnąć app.app_context()
wywołać również metodę konfiguracji testu. Mam nadzieję, że to pomoże.