Najlepszą rzeczą do zrobienia jest po prostu uwzględnienie 2 kolumn, które nie są automatycznie inkrementowane w pliku CSV, a następnie jawne ustawienie kolumny ID na NULL w instrukcji ładowania pliku danych.
Coś takiego:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;