DELETE DupRows.*
FROM MyTable AS DupRows
INNER JOIN (
SELECT MIN(ID) AS minId, col1, col2
FROM MyTable
GROUP BY col1, col2
HAVING COUNT(*) > 1
) AS SaveRows ON SaveRows.col1 = DupRows.col1 AND SaveRows.col2 = DupRows.col2
AND SaveRows.minId <> DupRows.ID;
Oczywiście musisz rozszerzyć col1, col2 we wszystkich trzech miejscach na wszystkie kolumny.
Edycja:właśnie wyciągnąłem to ze skryptu, który trzymam i ponownie przetestowałem, wykonuje się w MySQL.