Natknąłem się na ten sam problem, ale myślę, że wiem, co powoduje zamieszanie. Jeśli używasz MySQL Query Analyzer, możesz to zrobić dobrze:
SELECT myvalue
INTO @myvar
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;
Jeśli jednak umieścisz to samo zapytanie w MySQL Workbench, zwróci błąd składni. Nie wiem, dlaczego miałyby być inne, ale są.
Aby obejść problem w MySQL Workbench, możesz przepisać zapytanie w ten sposób:
SELECT @myvar:=myvalue
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;