Jak poprawnie używać PHP do kodowania obiektu MySQL do formatu JSON?

$data = array();

while ( $row = $result->fetch_assoc() ){
    $data[] = json_encode($row);
}
echo json_encode( $data );

To powinno wystarczyć. Możesz także użyć http://jsonlint.com/ aby zobaczyć, jakie są problemy z danymi wyjściowymi JSON.

Aktualizacja: za pomocą fetch_all() może być też dobrym pomysłem

$data = $result->fetch_all( MYSQLI_ASSOC );
echo json_encode( $data );