Absolutnie to drugie. Może pobrać wartość bezpośrednio z indeksu PK, podczas gdy ten pierwszy prawie na pewno wymaga skanowania tabeli (chyba że każda pojedyncza kolumna jest częścią indeksu; a nawet wtedy musi pobierać wartości ze wszystkich indeksów). Następnie, w zależności od tego, w jaki sposób łączysz się z bazą danych, przesyłana jest duża ilość danych tylko po to, aby uzyskać liczbę.
explain
może pomóc tutaj. W takim przypadku powie Ci, że zaznaczenie jest zoptymalizowane.