Błąd inicjalizacji bazy danych Spring Boot MySQL z procedurami składowanymi

Odpowiedź okazała się bardzo prosta. Spring Boot ma właściwość separatora DataSource, którą można ustawić w pliku application.properties:

spring.datasource.separator=^;

Następnie w pliku schema.sql wszystkie ; instrukcje spoza procedury składowanej muszą zostać zaktualizowane o nowy separator.

DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()

BEGIN
  SELECT * from `database`.employees;
END ^;