połącz dwie tabele wraz z liczbą rekordów z drugiej tabeli na podstawie warunku

Użyj LEFT JOIN zamiast INNER JOIN :

SELECT c.id, c.name, c.unit, COUNT(p.category_id) as active_count 
FROM `categories` c 
LEFT JOIN `products` p
    ON c.id = p.category_id AND p.is_active = 1 
GROUP BY c.id;

Ważne jest również, aby przenieść predykat p.is_active = 1 z WHERE klauzula ON , aby wszystkie rekordy categories tabele są zwracane przez zapytanie.