Prawdopodobnie było to uszkodzenie danych InnoDB. dodałem
innodb_force_recovery = 2
do my.ini, zrestartowałem bazę danych i udało mi się zrzucić wszystkie dane i je odzyskać.
Pamiętaj o używaniu tego, przeczytaj wcześniej dokumentację: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html