W dawnych czasach pierwszy był szybszy, ale to już nieprawda. Osobiście uważam, że INNER JOIN jest lepszy, ponieważ jest bardziej czytelny. Lepiej pokazuje relacje między stołem. Masz te relacje w złączeniu i filtrujesz w klauzuli WHERE. Ta separacja sprawia, że zapytanie jest bardziej czytelne. Ale to kwestia osobistego gustu.