Aktualizacja:ta funkcjonalność została połączona z pandas master i zostanie wydana w 0.15 (prawdopodobnie pod koniec września), dzięki @artemyk! Zobacz https://github.com/pydata/pandas/pull/8062
Więc zaczynając od 0.15, możesz określić chunksize
argument i m.in. po prostu zrób:
df.to_sql('table', engine, chunksize=20000)