Po przejściu z MySQL 5.0 do 5.5 dowiedziałem się, że nagle muszę włączyć LOCAL INFILE specjalnie podczas tworzenia połączenia w PHP.
Używając mysql:
mysql_connect(server,user,code,false,128); // 128 enables LOCAL INFILE
mysql_select_db(database);
Korzystanie z mysqli:
$conn = mysqli_init();
mysqli_options($conn, MYSQLI_OPT_LOCAL_INFILE, true);
mysqli_real_connect($conn,server,user,code,database);