To polecenie prawie daje ci to, czego chcesz, a nawet działa ze zdalnym serwerem. Jedynym zastrzeżeniem jest to, że generuje plik TSV (pola są oddzielone tabulatorem).
mysql mydb -e "select * from mytable" -B > mytable.tsv
Ale możesz przekonwertować go do CSV za pomocą sed, jak sugeruje ta odpowiedź :
mysql mydb -e "select * from mytable" -B | sed "s/'/\'/;s/\t/\",\"/g;s/^/\"/;s/$/\"/;s/\n//g" > mytable.csv