Po kilku próbach i błędach wymyśliłem następujące zapytanie, które robi to, czego potrzebuję. Zasadniczo oddzielam liczby od końca ciągu, a następnie usuwam tyle znaków, zanim oddzielę kolejną liczbę. Kolumna wersja 1 jest ograniczona do dodatnich liczb dwucyfrowych, ale jest to ograniczenie, z którym mogę żyć w moim przypadku.
SELECT
IF(CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL) > 0,
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL),
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),1) AS DECIMAL)) AS version1,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -2)) - 1), '.', -1) as version2,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1)) - 1), '.', -1) as version3,
SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1) as version4
FROM Version
HAVING version1 >= 5
;