Dla pojedynczego stołu możesz zrobić coś takiego:
ALTER TABLE tab CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;
Dla całej bazy danych nie znam innej metody niż podobna do tej:
http://www .commandlinefu.com/commands/view/1575/convert-all-mysql-tables-and-fields-to-utf8