Twój problem z wydajnością jest najprawdopodobniej spowodowany połączeniem z tabelą „term_taksonomy”.
Wszystkie inne łączenia wydają się używać klucza podstawowego (w którym prawdopodobnie masz działające indeksy).
Proponuję więc dodać indeks złożony do term_taxonomy_id i term_id (lub jeśli musisz:taksonomia ). Tak:
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
Mam nadzieję, że to ci pomoże.