Miałem ten sam problem, kiedy aktualizowałem serwer mysql z 5.5 do 5.7 w Debianie 8 (jessie). W rzadkich przypadkach prawdopodobnie dzieje się tak, jeśli aktualizujesz bezpośrednio z pominięciem sekwencji wersji. (Wiele osób to robi, ale takie aktualizacje nie są oficjalnie obsługiwane). W moim przypadku zadziałało dobrze, gdy wykonałem poniższe polecenie:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Mam nadzieję, że ci to pomoże
