Musiałem też przejść na PyMySQL. Używam pip 1.5.6, Python 2.7.8 i wypróbowałem mysql-connector 2.0.1
Udało mi się uruchomić zapytanie z poziomu Sequel Pro bez żadnych problemów, ale moje zapytanie w Pythonie zakończy się niepowodzeniem z błędem opisanym w pytaniu po zwróceniu tylko podzbioru wyników.
Przełączono na PyMySQL i wszystko działa zgodnie z oczekiwaniami.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
W środowisku wirtualnym:
pip install pymysql
W kodzie:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Zdecydowanie błąd w mysql-connector-python.