Pliki konfiguracyjne są w porządku. Główną przyczyną jest błąd w pakiecie MySQL 5.6 dla Ubuntu 16.04.
Jeśli sprawdzisz swój /var/log/syslog, prawdopodobnie zobaczysz taki wiersz:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Narzędzie bezpieczeństwa o nazwie AppArmor odmawia dostępu do pliku z łączem symbolicznym (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Wypróbuj to obejście, które pozwoli na odczytywanie dowiązań symbolicznych przez mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Teraz mysqld powinien zobaczyć twoją niestandardową konfigurację.
Ten błąd wydaje się być naprawiony w pakiecie MySQL 5.7 Ubuntu.