Podobny problem spotkałem pod Windows 7 podczas instalacji mysql-connector-python-1.0.7-py2.7.msi i mysql-connector-python-1.0.7-py3.2.msi .
Po zmianie z "Install only for yourself" do "Install for all users" podczas instalacji Pythona dla systemu Windows "python 3.2 not found" problem znika i mysql-connector-python-1.0.7-py3.2.msi został pomyślnie zainstalowany.
Wydaje mi się, że problem polega na tym, że instalator łącznika mysql szuka tylko HKEY_LOCAL_MACHINE wpisy, a rzeczy, których szuka, mogą znajdować się w HKEY_CURRENT_USER itd. Więc rozwiązanie, które bezpośrednio zmienia tabelę reg, również działa.