Miałem ten sam problem kilka tygodni temu. Folder bazy danych w systemie plików był własnością niewłaściwego użytkownika. Prosty chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name załatwił sprawę!
Wszystko jest wyjaśnione tutaj:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (po włosku, ale jest całkiem jasne)
Pozdrawiam
