Utwórz tabelę tymczasową (zawierającą tylko wartości value1 i value2) i zapełnij ją zbiorczo (tj. możesz to zrobić za pomocą pojedynczej instrukcji INSERT). Następnie wykonaj aktualizację, używając połączenia między istniejącą tabelą a tabelą tymczasową.
Coś jak
INSERT INTO SomeTempTable(id, some_id)
VALUES (1,2), (3,4), (5,6), .......
UPDATE A
INNER JOIN
SomeTempTable ON A.id = SomeTempTable.id
SET
A.some_id = SomeTempTable.some_id;