Oczywiście jest sposób:
set @counter = 0;
update table_name
set id = (@counter := @counter + 1);
EDYTUJ
Aby uniknąć problemów ze zduplikowanymi kluczami, możesz uruchomić coś takiego wcześniej, aby tymczasowo zmienić bieżące identyfikatory na negatywne odpowiedniki:
update table_name
set id = 0 - id;