Każda kolumna z kluczem (podstawowym, obcym) potrzebuje indeksu. To samo z unikalną kolumną. Prawdopodobnie utworzyłeś dwa indeksy (jeden podczas tworzenia FK, a drugi na ograniczeniu Unique). W takim przypadku po prostu usuń jeden z tych indeksów.
Utrzymywanie dwóch równoważnych indeksów jest obciążeniem dla bazy danych.