Mysql:usuń wiersze w dwóch tabelach z kluczami obcymi

Spróbuj tego, mam nadzieję, że to pomoże.

DELETE FROM departure, departure_time
USING departure
INNER JOIN departure_time
WHERE departure_date = '2016-09-30'
      AND departure_time.id = departure.id

Lub

DELETE FROM departure, departure_time
USING departure
INNER JOIN departure_time
WHERE departure_date = '2016-09-30'
      AND departure_time.departure_id = departure.id

Lub możesz użyć ON DELETE CASCADE to zadziała automatycznie.