Nie używasz SQLAlchemy zamiast MySQLdb — używasz SQLAlchemy, aby uzyskać dostęp do czegoś takiego jak MySQLdb, naszsql (inny sterownik MySQL, który słyszałem, jest ładniejszy i ma lepszą wydajność), moduł sqlite3, psycopg2 lub jakikolwiek inny używany sterownik bazy danych.
ORM (jak SQLAlchemy) pomaga wyodrębnić szczegóły używanej bazy danych. Pozwala to uniknąć zagubionych szczegółów systemu bazy danych, którego używasz, unikając czasami błędów (i wprowadzając możliwość innych) i czyniąc portowanie trywialnym (przynajmniej teoretycznie).