docker-entrypoint-initdb.d folder zostanie uruchomiony tylko raz podczas tworzenia kontenera (instancji), więc faktycznie musisz wykonać docker-compose down -v aby ponownie aktywować to na następny bieg.
Jeśli chcesz mieć możliwość dodawania plików sql w dowolnym momencie, możesz zajrzeć tutaj na wyspecjalizowany obraz dokera MySql... http ://ivo2u.nl/o4
