Przede wszystkim, jeśli celem zapytania jest tylko sprawdzenie składni, nie wykonuj go! wykonaj wyjaśnienie lub dodaj limit 0 lub wykonaj na pustej bazie danych.
Co do zabijania, musisz połączyć się z bazą danych z uprawnieniami roota i wydaj polecenie KILL (ale musisz znać identyfikator zapytania). Lub możesz zabić cały wątek. Spójrz na mysqli::kill
Edycja:wygląda na to, że nie potrzebujesz uprawnień administratora, aby zobaczyć zapytania użytkownika, użyj polecenia SHOW PROCESSLIST
