MySQL Case w instrukcji Select z operatorem LIKE

Używając drugiej formy CASE powinien działać:

SELECT
  CASE
    WHEN digits LIKE '6901%' THEN substr(digits,4)
    WHEN digits LIKE '91%' THEN substr(digits,2)
  END as digits
FROM raw

Co więcej, masz zabłąkany przecinek na końcu SELECT .