Odnieś się do pierwszego zapytania jako do podzapytania w drugim:
$query = "SELECT * from CatalogueItems WHERE itemID IN ";
$query .= "(" . $querystring . ")";
Jest to lepsze niż twoje obecne podejście, ponieważ potrzebujemy tylko jednej podróży do bazy danych.
Zwróć uwagę, że najlepiej użyć tutaj przygotowanych oświadczeń. Twoje pierwsze zapytanie może wyglądać tak:
$stmt = $conn->prepare("SELECT itemID from mycart where email = ?");
$stmt->bind_param("s", $email);