Nie jestem pewien, czy mam wystarczająco dużo informacji, aby w pełni odpowiedzieć na Twoje pytanie, ale funkcje Native Query Hibernate mogą pozwolić Ci załadować plik w ten sposób.
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :filename INTO TABLE testtable (text,price)").setString("filename", "/path/to/MyFile.csv").executeUpdate();