Spring data JPA tylko jeden klucz złożony to problem z automatyczną inkrementacją

Twój JPA @Id nie musi odpowiadać kolumnom PK bazy danych. Dopóki jest wyjątkowy, tylko to się liczy.

Od https://en.wikibooks.org/wiki/Java_Persistence/Identity_and_Sequencing :

Ponieważ kolumna z automatycznym przyrostem gwarantuje, że jest unikalna, po prostu użyj gender_key jako swojego @ID i identyfikator mapy jako normalną kolumnę.

@Entity
@Table(name = "employee")
public class employee {

   @Id
   @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY) 
   private int genderKey;

   @Column
   private int id;

}

Szczerze mówiąc, uważam, że Twój schemat jest mylący.

Proponuję również przeczytać następujące informacje:

https://www.javatpoint.com/java-naming-conventions