Natknąłem się na podobny problem, a moim problemem było to, że MySQL zainstalował się skonfigurowany do działania na porcie innym niż domyślny. Nie znam powodu, ale aby dowiedzieć się, na którym porcie działa MySQL, uruchom następujące polecenie w kliencie MySql:
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'PORT';