Ostatecznie przyjęta powyżej odpowiedź jest prawidłowa.
Pomoc od @RandomSeed skłoniła mnie do myślenia we właściwym kierunku. Zasadniczo plany optymalizacji utworzone w 5.6 znacznie różnią się od tych w 5.5, więc prawdopodobnie będziesz musiał przerobić swoje zapytanie, podobnie jak ja.
Nie skończyłem używać FORCE INDEX
, ale zamiast tego usunąłem fragmenty zapytania, dopóki nie określiłem, co powoduje, że 5.6 pomija indeks. Następnie przerobiłem logikę aplikacji, aby sobie z tym poradzić.