Możliwe, że masz jakieś duże instrukcje wstawiania, które są większe niż twój maksymalny rozmiar. Sprawdź swój plik /etc/mysql/my.cnf lub gdziekolwiek on się znajduje. Nie pamiętam, jakie jest ustawienie domyślne - ale ustawienie go na coś dużego, jak poniżej, może pomóc.
To jest jedna opcja
[mysqld]
max_allowed_packet = 16M
A może w drugą stronę
[mysqldump]
max_allowed_packet = 16M