[mysql] dotyczy klienta wiersza poleceń mysql - [mysql i opcje klienta]
[klient] dotyczy wszystkich łączących się klientów (w tym mysql cli) - [mysql i opcje klienta]
[mysqld] dotyczy serwera mysql - [opcje serwera]
[mysqldump] dotyczy narzędzia o tej samej nazwie - [opcje mysqldump]
...itd
Różnica między (-) i (_) to kontekst, w którym jest używany.
(-) jest używany w parametrach wiersza poleceń, gdzie (_) jest używany w parametrach pliku opcji.
Możesz zobaczyć więcej w dokumentacji:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.5/en/opcje-pliki.html