MySQL na zduplikowanym kluczu... uzyskać istniejący identyfikator?

Możesz dodać trzecią kolumnę ModifiedDate i użyj tego:

insert into t(id, tag)
    select id, tag
    on duplicate key update ModifiedDate = now();

Zapewni to, że aktualizacja naprawdę nastąpi, a co za tym idzie, że LAST_INSERT_ID() zwraca wartość.