Jest kilka opcji. Jednym z nich jest skonfigurowanie replikacji w MySQL, który automatycznie kopiuje dane między serwerami i automatycznie je synchronizuje, z dokładnością do kilku sekund w miarę przesyłania danych. Minusem jest to, że musisz udostępnić w sieci przynajmniej serwer główny, aby zezwolić na połączenia TCP.
Zewnętrznie możesz wykonywać regularne mysqldumps na serwerze A, kopiować na serwer B, ładować do mysql i gotowe. Będzie to miało ziarnistość niezależnie od przedziału czasu, w którym uruchomisz sekwencję zrzutu/kopiowania/ładowania. Wadą jest to, że mysqldump blokuje tabele podczas pracy. Jeśli masz dużą bazę danych, zostaniesz zablokowany w tabelach serwera A podczas postępu zrzutu, a serwer B zostanie zablokowany podczas ładowania danych. A ładowanie zrzutu jest znacznie wolniejsze niż robienie zrzutu w pierwszej kolejności, ponieważ mysql wykonuje wszelkiego rodzaju wewnętrzne porządki (aktualizacje kluczy, aktualizacje metadanych tabeli itp.) podczas ładowania.
W przypadku trzeciej opcji możesz napisać synchronizator, który porównuje wiersze między dwiema bazami danych i w razie potrzeby dokonuje aktualizacji. Jednak wtedy przerzucasz zawartość jednego serwera na drugi i wykonujesz operacje wiersz po wierszu. Plus konieczność obsługi wszelkich zależnych aktualizacji klucza obcego / relacji podrzędnych, a to się komplikuje w pośpiechu. W tym momencie może być lepiej, jeśli użyjesz opcji mysqldump.
Oczywiście powinieneś zaktualizować swój MySQL do czegoś bardziej nowoczesnego. v4.x jest bardzo przestarzały. Powinieneś używać przynajmniej wersji 5.0, najlepiej 5.1.