select project_id, service_id, count(*) as count
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc
Wystarczy dodać service_id do Twojej grupy group by i select lista. To powinno wystarczyć.
EDYTUJ -
Zgodnie z komentarzem od @Rajah wydaje się, że dla oczekiwanego wyniku musisz użyć
order by project_id asc, service_id asc
