Zostaw dołączanie, sumowanie i liczenie grup według

Twój problem polega na tym, że masz dwa (lub więcej) store wiersze i dwa (lub więcej) pics wiersze dla pojedynczego goods wiersz, otrzymujesz iloczyn wszystkich kombinacji wierszy.

Aby to naprawić, wykonaj agregację przed dołączeniem:

SELECT 
  good.id, 
  good.title, 
  IFNULL(s.storerest, 0) AS storerest, 
  IFNULL(p.picscount, 0) AS picscount
FROM goods 
LEFT JOIN (
  SELECT goodid, sum(rest) AS storerest
  FROM store
  GROUP BY goodid
) s ON (goods.id = s.goodid) 
LEFT JOIN (
  SELECT goodid, count(id) AS picscount
  FROM pics
  GROUP BY goodid
) p ON (goods.id = p.goodid)